โรงเรียนบ้านโคกตา เดิมชื่อ “โรงเรียนประชาบาลตำบลปะลุรู” โดยใช้พื้นที่ของที่ราชพัสดุ ตำบลปะลุรู อำเภอสุไหงปาดี จังหวัดนราธิวาสเป็นสถานที่ตั้งโรงเรียน เมื่อ พ.ศ. ๒๔๖๓ และสร้างโรงเรียนขึ้นแล้วเสร็จในปี พ. ศ. ๒๔๖๕ โดยมีนายอำเภอสุไหงปาดี เป็นผู้อุปถัมภ์ เริ่มเปิดทำการสอนครั้งแรก เมื่อวันที่ ๑ กรกฎาคม พ.ศ. ๒๔๖๖ เปิดสอนตั้งแต่ชั้นเตรียมประถม ถึงชั้นประถมบริบูรณ์ มีนายแดง รัตนภูมิ เป็นครูใหญ่คนแรก
คำว่า “ปะลุรู” เป็นภาษาพื้นเมือง ซึ่งเป็นคำเรียกชื่อต้นไม้ชนิดหนึ่ง ที่ขึ้นอยู่เป็นจำนวนมากในบริเวณนี้ คือ ต้นสะบ้า ภายหลังได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนเป็น “โรงเรียนบ้านโคกตา” คำว่าโคกตา แผลงมาจากคำว่า “กอตอ” ซึ่งเป็นภาษาถิ่นพื้นเมือง แปลว่ากำแพง หรือ “เนิน” ตามศัพท์ภาษาไทย
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านโคกตา มีพื้นที่ ๕ ไร่ ๑ งาน มีอาคารเรียน ๒ หลัง จำนวน ๒๑ ห้อง อาคารอเนกประสงค์ ๑ หลัง ส้วม ๒ หลัง ๑๐ ที่นั่ง โรงอาหาร ๑ หลัง ตั้งอยู่หมู่ที่ ๑ ถนนประชาสำราญ อำเภอสุไหงปาดี จังหวัดนราธิวาส ห่างจากตัวจังหวัด ๕๐ กิโลเมตร
ทิศเหนือ ติดต่อกับถนนประชาสำราญ
ทิศใต้ ติดต่อกับถนนจารุเสถียร ทางหลวงหมายเลข ๔๐๕๖
ทิศตะวันออก ติดต่อกับถนนชลธารา
ทิศตะวันตก ติดต่อกับสถานีตำรวจภูธร อำเภอสุไหงปาดี